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• Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Schwerpunkt: Frauenheilkunde (Caritas St. Josef))
• Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Schwerpunkt: Geburtshilfe (St. Hedwig)
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• CTO Centrum für Translationale Onkologie
• RCI Regensburger Centrum für Interventionelle Immunologie
• Darmkrebszentrum
• Diabetologisches Fußzentrum
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• Gefäßzentrum Ostbayern
• GZR Gerinnungszentrum Regensburg
• GvHD-Zentrum
• Hautkrebszentrum
• ICT Interdisziplinäres Centrum für medikamentöse Tumortherapie
• Interdisziplinäres Zentrum für Gefäßanomalien
• Interdisziplinäres Zentrum für pädiatrisch-interventionelle Radiologie
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• Tumorzentrum Regensburg
• UHR Universitäres Herzzentrum Regensburg
• UCC-R University Cancer Center Regensburg
• USMZ Universitäres Schlafmedizinisches Zentrum Regensburg-Donaustauf
• Universitäres Transplantationszentrum Regensburg
• Viszeralonkologisches Zentrum
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• Zahntraumazentrum Regensburg
• Zentrum für Familiären Brust- und Eierstockkrebs
• Zentrum für Hämatologische Neoplasien
• ZHT Zentrum für Hirntumoren
• ZIS Zentrum für interdisziplinäre Schmerzmedizin
• Zentrum für interventionelle Aortenklappentherapie
• Zentrum für Klinische Studien
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• Zentrum für Leberkrebsforschung
• Zentrum für Plastische, Hand- und Wiederherstellungschirurgie
• RIO Zentrum für Radiologisch-Interventionelle Onkologie
• ZSER Zentrum für Seltene Erkrankungen
• Zentrum für Tiefe Hirnstimulation
• Zentrum für Palliativmedizin
• Cholear Implant Centre

• Klinisches Ethikkomitee
• Stabsabteilung Personalentwicklung
• Stabsabteilung Qualitätsmanagement
• Stabsabteilung Unternehmensentwicklung und Innovation
• Stabsabteilung Unternehmenskommunikation

• Klinikapotheke
• Klinisches Ethikkomitee
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• Zentrum für Ernährungs- und Diabetesberatung
• Zentrum für Klinische Studien
• Zentrum für Sozialberatung und Überleitung
• Ökumenische Klinikseelsorge

• Förderverein Palliativmedizin e.V.
• FSER Förderverein für Seltene Erkrankungen e.V
• KUNO-Stiftung: Stiftung für die Kinder Uniklinik Ostbayern
• Leukämiehilfe Ostbayern e.V.
• VFFP Verein der Freunde und Förderer der Pflege am Universitätsklinikum Regensburg e.V.
• VKKK Verein zur Förderung krebskranker und körperbehinderter Kinder Ostbayern e.V.