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• Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Schwerpunkt: Frauenheilkunde (Caritas St. Josef))
• Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Schwerpunkt: Geburtshilfe (St. Hedwig)
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• CCCO Comprehensive Cancer Center
• CTO Centrum für Translationale Onkologie
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• Darmkrebszentrum
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• Gefäßzentrum Ostbayern
• GZR Gerinnungszentrum Regensburg
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• Hautkrebszentrum
• ICT Interdisziplinäres Centrum für medikamentöse Tumortherapie
• Interdisziplinäres Zentrum für Gefäßanomalien
• Interdisziplinäres Zentrum für pädiatrisch-interventionelle Radiologie
• JCC José-Carreras-Centrum für Somatische Zelltherapie
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• UCC-R University Cancer Center Regensburg
• USMZ Universitäres Schlafmedizinisches Zentrum Regensburg-Donaustauf
• Universitäres Transplantationszentrum Regensburg
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• Zahntraumazentrum Regensburg
• Zentrum für Familiären Brust- und Eierstockkrebs
• Zentrum für Hämatologische Neoplasien
• ZHT Zentrum für Hirntumoren
• ZIS Zentrum für interdisziplinäre Schmerzmedizin
• Zentrum für interventionelle Aortenklappentherapie
• Zentrum für Klinische Studien
• Zentrum für Leberkrebsforschung
• Zentrum für Plastische, Hand- und Wiederherstellungschirurgie
• RIO Zentrum für Radiologisch-Interventionelle Onkologie
• ZSER Zentrum für Seltene Erkrankungen
• Zentrum für Tiefe Hirnstimulation
• Zentrum für Palliativmedizin
• Cholear Implant Centre

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• Stabsabteilung Personalentwicklung
• Stabsabteilung Qualitätsmanagement
• Stabsabteilung Unternehmensentwicklung und Innovation
• Stabsabteilung Unternehmenskommunikation

• Klinikapotheke
• Klinisches Ethikkomitee
• Physiotherapie
• Zentrum für Ernährungs- und Diabetesberatung
• Zentrum für Klinische Studien
• Zentrum für Sozialberatung und Überleitung
• Ökumenische Klinikseelsorge

• Förderverein Palliativmedizin e.V.
• FSER Förderverein für Seltene Erkrankungen e.V
• KUNO-Stiftung: Stiftung für die Kinder Uniklinik Ostbayern
• Leukämiehilfe Ostbayern e.V.
• VFFP Verein der Freunde und Förderer der Pflege am Universitätsklinikum Regensburg e.V.
• VKKK Verein zur Förderung krebskranker und körperbehinderter Kinder Ostbayern e.V.